Бывают ситуации, когда стандартными средствами не удается очистить корзину. Такое случается, если вы создали файл с правами администратора, а удалить их пытаетесь из под обычного пользователя, либо имя файла указано в неверной кодировке, либо файл превысил размер корзины. Причины бывают разные.
Для полной очистки корзины выполните в командной строке (Ctrl+Alt+T):
rm -fr ~/.Trash/* rm -fr ~/.local/share/Trash/files/* rm -fr ~/.local/share/Trash/info/*
Команда зависит от вашего дистрибутива.
Источник: https://www.kobzarev.com/linux/cleaning-non-removable-files-from-trash/